Фамилия Гафланова, скорее всего, образована от мужского имени или прозвища Гафлан. Основа здесь — тюркское слово «гафлан» (или «каплан»), которое в разных тюркских языках означает «тигр», «барс» или «хищный зверь». В русских говорах и документах XVI–XVII веков это слово закрепилось как прозвище сильного, свирепого или храброго человека. Встречаются варианты написания Капланов, Кафланов, Гапланов — это одна и та же модель, где чередование «к/г» объясняется особенностями произношения в разных диалектах.

Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Гафланов — «сын Гафлана». Женская форма Гафланова сохранилась как наследие старой системы, где фамилия меняла окончание по роду. В русской ономастике такие фамилии обычно принадлежали служилым людям, казакам или крестьянам, которые контактировали с тюркским населением. В Поволжье, на Урале и в Приуралье фамилии с корнем «каплан/гафлан» встречаются чаще — это зона, где русские и тюркские языки веками соседствовали.

Известных дворянских родов с этой фамилией нет: в «Общем гербовнике» она не значится. Скорее всего, Гафлановы — потомки однодворцев, казаков или государственных крестьян, получивших прозвище по внешности или характеру. В современных справочниках фамилия редкая, и большинство её носителей живут в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, что подтверждает тюркское происхождение основы.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Капланов, Каплунов, — то Гафланова стоит ближе к южным и восточным говорам, где «г» звучит твёрже. В документах XIX века можно встретить написание «Гафлановъ» с твёрдым знаком на конце, что типично для дореформенной орфографии.