Фамилия Гагауз — одна из тех, что напрямую отсылает к названию народа. Основная версия её происхождения связана с тюркоязычным народом гагаузов, который исторически компактно проживает на территории современной Молдавии и Украины. В пользу этого говорит и то, что в составе Молдавии до сих пор существует автономное территориальное образование Гагаузия. Скорее всего, предок человека с такой фамилией сам принадлежал к этой народности или же получил прозвище по месту жительства среди гагаузов.

В русском языке фамилия оформлена как типичная румынская или молдавская модель без дополнительного суффикса, то есть перенесена в исходной форме — Гагауз. Это отличает её от русских фамилий, которые обычно «обрусевают» с помощью суффиксов -ов или -ин. Здесь же мы видим прямое заимствование этнонима в качестве фамильного имени.

О происхождении самих гагаузов до сих пор спорят историки, и единой версии нет. По одной из гипотез, их предками были тюркоязычные кочевники: огузы, печенеги или половцы. Другая версия утверждает, что это потомки болгар, которые приняли тюркский язык во времена османского владычества. Третья теория связывает гагаузов с турками, переселившимися в XIII веке в Добруджу. Есть и более смелая гипотеза: что гагаузы — это потомки тюркоязычных протоболгар, пришедших с Волги на Балканы ещё в VII веке и принявших христианство в IX. Какая бы из них ни оказалась верной, ясно одно: фамилия Гагауз несёт в себе память о сложных и древних этнических процессах на юго-востоке Европы.

Тесные хозяйственные и культурные связи Молдавии и Турции, а также долгое османское господство, установившееся с начала XVI века, лишь закрепили за этим названием устойчивую бытовую основу. Так что фамилия Гагауз — не случайный звук, а живое свидетельство многовекового соседства народов.