Фамилия Галишников — яркий пример того, как одно звучание может скрывать два совершенно разных корня: русский бытовой и восточный именной. В первом случае в основе лежит прозвище Галишник, которое, скорее всего, связано со словом «галешник» (или «галечник») — мелкая галька. На Волге и северных реках гальку использовали как балласт для судов: ею загружали трюмы, чтобы придать остойчивость пустому кораблю. Человека, который добывал, грузил или возил эту гальку, в речных артелях так и прозывали — Галишник. Вторая, более мирная версия: прозвище могли дать крестьянину, чей надел или деревня стояли на каменистой, «галечной» почве — земле, непригодной для пашни, но дающей приметную топонимическую метку.

Однако есть и альтернативная, менее очевидная гипотеза. Суффикс -ников обычно указывает на профессию или занятие, но в редких случаях фамилия могла вобрать в себя личное имя. Здесь возможна связь со сложносоставным арабским именем Галиша, где первая часть — Гали (от араб. ‘али — «великий, возвышенный, могущественный»), а вторая — Шах (перс. «хан, повелитель, владелец»). Такое имя встречалось в татаро-мусульманской среде Поволжья, и если предок-мусульманин переходил в православие, его потомки легко могли получить фамилию по имени отца — Галишников, то есть «сын Галиши». Оба объяснения по-своему логичны, и без точного знания географии предков или их вероисповедания выбрать единственное трудно: первая версия крепче держится на русской почве и словообразовательной модели, вторая — объясняет необычный корень, не сводимый к «гальке».