Фамилия Галишникова — женская форма, образованная от мужской Галишников. Её основа, прозвище Галишник, не имеет однозначного толкования, и здесь сталкиваются как минимум две версии, связанные с разными занятиями или условиями жизни предка.

Первая и самая прямая версия отсылает к слову «галешник» (или «галечник») — мелкая галька. Этот материал использовали как балласт на судах. Прозвище Галишник мог получить человек, который добывал гальку для этой цели. Другая бытовая возможность: так называли того, кто жил на каменистой земле или возле галечного побережья. В русских говорах галишниками (галешниками) нередко называли острова, берега, покрытые галькой, или поля, где при пахоте то и дело попадается мелкий камень. В этом случае прозвище было чисто топографическим — по месту жительства.

Вторая версия сложнее и уводит в сторону древнерусского слова «галишник». Оно встречается в старых документах и, по всей видимости, связано с изготовлением рукавиц — голиц. Голицы — это кожаные или холщовые рабочие рукавицы без пальцев, их шили и продавали. Соответственно, голишником (или галишником в диалектном произношении) могли прозвать мастера-рукавичника. Эта версия менее очевидна фонетически, но подкрепляется тем, что в основе многих русских фамилий лежат именно названия ремёсел.

Какую из версий считать основной — вопрос открытый. География ранних носителей показывает, что фамилия бытовала в разных губерниях: известны Галишниковы из Московской губернии (Алексей Лукич, 1901 года рождения) и из Саратовской (Артемий Евлампьевич, 1870 года, и Василий Иванович, 1880 года). Саратовское Поволжье — зона активных песчаных и галечных отмелей, что делает «галечную» версию для этой ветви вполне правдоподобной. В любом случае, суффикс -ник указывает на лицо по роду занятия или характерному признаку, а фамилия на -ин/-ов закрепила за потомками прозвище их предка.