Фамилия Голишникова — женская форма, а её мужской вариант Голишников. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — сын Голишника). В основе лежит прозвище Голишник, которое восходит к нарицательному «голик» — веник без листьев, голый прут. На Руси была поговорка: «Расшумелся, как голик под порогом» — так говорили о человеке шумном, пустом или вздорном. Вполне вероятно, что прозвище Голишник дали лысому или бритому, по аналогии с голым веником.

Не исключена и другая версия — связь с корнем «голь» (голытьба, беднота). От «голь, голынь» образованы прозвища Гольтяпа («неимущий, бедняк») и Голяшка («очень бедная женщина»). В этом случае Голишник мог означать «бедняк, голодранец». Какая из версий правдоподобнее? Первая — с веником — встречается в русской ономастике чаще и имеет прямую бытовую параллель: прозвища по предметам обихода давали охотно. Версия с бедностью возможна, но менее надёжна: для неё типичнее формы типа Голый или Голяк, а суффикс -ник здесь нехарактерен.

Среди известных носителей — Голишников Александр Михайлович (род. 28 мая 1944 года). Он был народным депутатом, членом Совета Национальностей Верховного Совета РФ (1990–1993), входил во фракцию «Свободная Россия» и Комитет по вопросам законности, правопорядка и борьбы с преступностью. Таким образом, потомок человека с прозвищем Голишник со временем получил фамилию, которая закрепилась и дошла до наших дней.