Фамилия Ганабины — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Главная загадка — в основе «Ганаб-». Самый вероятный путь ведёт к тюркскому или арабскому имени Ханафи (или Ганафи). В татарской и башкирской среде имя Ганафи (Ханафи) было распространено, оно восходит к арабскому «ханиф» — «правоверный», «истинно верующий». Русский суффикс -ин превратил имя отца (Ганафа) в фамилию сына: «чей?» — Ганабин. Ударение в такой модели обычно падает на последний слог: Ганаби́н.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «ганать» (гадать, угадывать) или «ганабый» (прозвище человека с какой-то особой приметой). Но эти слова не зафиксированы в общерусских говорах как устойчивые основы для прозвищ, поэтому версия с тюркским именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Ганабины могли быть крещёными татарами или русскими, получившими фамилию от тюркского прозвища. Сословный состав, скорее всего, мещанский или крестьянский: в дворянские родословные книги фамилия не попала.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах могли писать «Гонабины» через «о» — это следствие аканья, когда безударный звук передавался на слух. Современная орфография закрепила форму с «а» в первом слоге.