Фамилия Ганабина — редкий пример, где основа, скорее всего, восходит к древнееврейскому слову «ганав» (вор, мошенник). Прозвище Ганаба, от которого образована фамилия, могло указывать не столько на конкретного преступника, сколько на представителя чужого племени, совершавшего набеги. В древности, в условиях борьбы за выживание, такое прозвище было не столько клеймом, сколько констатацией социального статуса или происхождения предка.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе Ганаб- добавлен суффикс -ин, типичный для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?» (чей сын? — Ганабин). Женская форма Ганабина закрепилась в документах по правилам русского языка, хотя в основе лежит мужское прозвище.

Важно отметить, что в русской ономастике фамилии на -ин, образованные от еврейских корней, встречаются реже, чем, скажем, немецкие или польские заимствования. В отличие от искусственных фамилий вроде Вейценбаум («пшеничное дерево») или Зауэрштром («кислый поток»), которые часто давали чиновники в XIX веке, прозвище Ганаба могло возникнуть стихийно в среде, где соседствовали разные этнические группы.

Географически фамилия Ганабина может быть связана с западными или южными регионами Российской империи, где исторически проживало еврейское население, но встречается и в других областях — носители могли переселяться или получить фамилию при крещении. Точных данных о сословном происхождении нет: носителями могли быть как мещане, так и казаки или крестьяне, принявшие прозвище за характер или образ жизни предка.