Фамилия Ганебина — женская форма, мужская — Ганебин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе, оканчивающейся на согласный или -а, прибавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально: «чей?» — Ганебина, то есть «дочь или жена человека по прозвищу Ганеба». Основа здесь — «Ганеб(а)», а не «Ганеб», как могло бы показаться, если бы фамилия была Ганебов.

Корень «ганеб-» напрямую связан со словом «ганебный» — устаревшим, но хорошо узнаваемым в русском языке синонимом «позорный», «постыдный». В словаре В. И. Даля «ганеба» (или «ганебство») — это позор, срам, бесчестье. Человек, получивший такое прозвище, мог быть тем, кого постигла опала, кто пережил публичное унижение или прослыл бесчестным поступком. Однако в крестьянской и посадской среде прозвища часто давались «от противного» — как оберег или насмешка. Ганебой могли назвать ребёнка, чтобы злые силы обходили его стороной, думая: «он уже опозорен, чего к нему лезть». Или же это была ироничная кличка для человека с обострённым чувством чести, который боялся «ганебы» больше всего на свете.

Географически фамилия Ганебин встречается редко, что говорит о её локальном происхождении. Основные очаги — центральные и северные регионы России, в частности Вологодская и Архангельская губернии, где диалектная лексика сохраняла архаичные формы. Встречаются варианты написания с одной «н» (Ганебин) — это орфографическая норма, а не ошибка: суффикс -ин всегда пишется с одной «н», в отличие от фамилий на -инн, которые редки и обычно имеют другое происхождение.

В ономастике фамилия Ганебина стоит в ряду «неудобных» фамилий от слов с негативной окраской: Дураков, Глупов, Злобин. Но, как и в случае с ними, первоначальное значение прозвища со временем стёрлось, и фамилия стала просто родовым именем, не несущим оценочного смысла. Социально носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или мещанству — дворянские роды с таким корнем не фиксируются. Единственная особенность, выделяющая её среди однокоренных: ударение в фамилии почти всегда падает на второй слог — Гане́бина, что подтверждает связь с прилагательным «гане́бный», а не с существительным «ганеба́» (ударение на последний слог, которое тоже существовало, но в фамилиях почти не закрепилось).