Фамилия Ганебной — редкий случай, когда написание сразу выдаёт её происхождение. Форма на -ой вместо привычного -ый — это не ошибка и не искажение, а застывшая старая орфография. В XIX — начале XX века прилагательные в мужском роде под ударением писали и произносили именно так: Ганебно́й, а не Ганебны́й. В современном русском языке фамилия склоняется как прилагательное (Ганебного, Ганебному), но в именительном падеже сохраняет архаичное окончание, которое сразу указывает на её книжное, а не народное происхождение.

Основа фамилии — слово «ганебный», то есть «постыдный, позорный, бесчестный». В русских говорах и в литературном языке XVIII–XIX веков оно было вполне употребительно (от польского haniebny или напрямую из западнорусского наречия). Казалось бы, прозвище с таким значением — явно не лестное. Но здесь работает обратная логика, типичная для так называемых «охранительных» имён: родители могли наречь ребёнка Ганебным, чтобы отвести от него настоящий позор и беду. В крестьянской среде верили, что злые духи не позарятся на ребёнка с «плохим» именем, и он вырастет здоровым и счастливым. Так что первый носитель прозвища Ганебной, скорее всего, был желанным и долгожданным сыном, которого таким способом пытались уберечь.

Второй, менее вероятный вариант — прозвище могли дать взрослому человеку за какой-то проступок, но для фамилий такая мотивация встречается реже: уличное прозвище обычно закреплялось за потомками, а не за самим провинившимся.

Фамилия почти не встречается в центральных и северных областях России. Её основной ареал — юго-запад: Брянская, Смоленская области, а также приграничные районы Беларуси и Украины. Это неудивительно: именно в этих местах слово «ганебный» было в ходу, а окончание -ой долго держалось в местных говорах. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались среди казаков и однодворцев — то есть служилых людей, которые не были крепостными и могли свободно менять место жительства.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими же краткими прилагательными-прозвищами: Безобразной, Негодяевой, Дурной. Все они — из той же модели «обережного» именования, где отрицательное значение служило защитой. Ганебной — не «позорная», а «обережённая от позора» фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из среды свободных крестьян или однодворцев юго-западной России.