Фамилия Ганинец звучит необычно, и её происхождение — хороший пример того, как в русской ономастике сталкиваются разные языковые традиции. Главная интрига здесь — суффикс -инец. В отличие от массовых -ов/-ев или -ин, этот суффикс встречается реже и чаще всего указывает на принадлежность к определённой местности или общине. В русских фамилиях он даёт значение «выходец оттуда-то» или «житель того-то». Однако основа «Ган-» не даёт очевидной географической привязки внутри России.

Скорее всего, корень фамилии — это сокращённая форма крестильного имени. Самая вероятная версия: Ганинец произошёл от имени Ганя — уменьшительной формы от Агафон (греч. agathos — «добрый, хороший»). В народе имя Агафон нередко укорачивали до Ганя, а затем к этому прозвищу добавили суффикс -инец. Получилось: «Ганинец» — «потомок Гани» или «тот, кто из рода Гани». Такая модель образования встречается у фамилий вроде Козинец (от Козя/Козьма) или Савинец (от Сава/Савва).

Вторая версия, менее вероятная, но возможная для западных регионов: основа могла быть заимствована из польского или украинского языков. В польском «ganić» означает «хулить, бранить, осуждать». Прозвище Ганя могли дать человеку придирчивому, любящему покритиковать. Тогда Ганинец — «сын того, кого прозвали Ганей» (в значении «критик»). Однако эта версия слабее: имя Ганя как производное от Агафона встречается в источниках чаще, чем прозвище с таким корнем.

Географически фамилия Ганинец тяготеет к юго-западу России и Украине. Встречается в Белгородской, Курской областях, а также на Полтавщине и Черниговщине. Это не случайно: суффикс -инец в фамилиях активнее всего использовался именно в этих краях, особенно среди казачества и крестьянства. В центральной и северной России предпочли бы форму Ганин (с суффиксом -ин). Таким образом, Ганинец — это региональный вариант той же фамилии, который сохранил указание на «выходца» или «члена рода».

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казачья. Дворянских родов с такой фамилией в документах не зафиксировано. Это не делает её «простой» — напротив, она чётко маркирует конкретную культурную среду, где человека называли не по отцу (Ганин), а по принадлежности к общине или роду (Ганинец).