Фамилия Ганьшонков — редкий пример того, как разговорное уменьшительное имя, пройдя через несколько ступеней суффиксации, закрепилось в официальном родовом прозвании. Чтобы понять её корни, нужно разобрать цепочку словообразования, а не искать прямой смысл в основе.

Исходное личное имя — Ганя. Это народная, обиходная форма от канонических имён Агафон (в переводе с греческого «добрый», «благой») или Аггей («праздничный», «торжествующий»). В русской традиции такие сокращения получали широкое распространение: Ганя — это то же самое, что, например, Саня от Александр или Ваня от Иван. От имени Ганя образовали фамилию Ганьшонков с помощью сложного суффиксального наращения.

Ключевой элемент здесь — суффикс -онк-, типичный для восточнославянских, особенно украинских и южнорусских говоров. В украинском языке уменьшительно-ласкательные формы часто образуются с помощью -оньк- или -онк-: Ганька — Ганьонка (маленькая Ганя). Затем к этой основе добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Таким образом, Ганьшонков буквально означает «потомок Ганьшонка», то есть «внук или сын того, кого называли Ганьшонком». Приставка «ш» между корнем и суффиксом — характерное фонетическое явление в русских фамилиях, возникшее для благозвучия (сравните: Федька — Федьшонков, Сенька — Сеньшонков).

В географическом плане фамилия Ганьшонков, скорее всего, имеет южнорусские или украинские корни, откуда могла мигрировать в центральные области России. Суффикс -онк- в этом написании (через «о», а не через «ё») выдает либо старую орфографию, либо влияние местных говоров, где «о» произносилось отчетливо.

Социальный статус предков, носивших эту фамилию, восстанавливается по модели: это были крестьяне или мещане, в среде которых и бытовали такие «полуимена» и уменьшительные формы. Дворянские роды с такой фамилией маловероятны — они предпочитали более «благородные» суффиксы (-ский, -ич) или полные имена в основе. Сегодня фамилия встречается нечасто, но сохраняет память о том, как в просторечии звали человека, чьё полное имя было Агафон или Аггей.