Фамилия Ганьшина образована от имени Ганьша — уменьшительной формы канонического крестильного имени Гавриил. В основе лежит детское или обиходное прозвище Ганя, которое в диалектах превратилось в Ганьша. По словообразовательной модели это типичная русская фамилия на -ин: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — сын Ганьши). Такой способ был особенно распространён в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

Имя Гавриил в переводе с древнееврейского означает «сила Божья» или «Божий воин». В народной среде оно давало множество производных форм: Гавря, Ганя, Ганечка, Ганьша. Именно последняя и закрепилась в качестве прозвания главы семьи. Со временем потомки перестали воспринимать связь с полным именем, и фамилия Ганьшина стала самостоятельной.

Интересно, что фамилия Ганьшин (а в женском роде Ганьшина) встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что может указывать на миграционные потоки XVII–XVIII веков. В некоторых говорах «ганьша» могло означать не только имя, но и прозвище болтливого или суетливого человека, однако основная версия всё же связывает фамилию с Гавриилом.

В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных или официальных форм имён, фамилии на -ин нередко фиксировали именно домашние, «кухонные» прозвища. Это делает Ганьшину более личной, семейной фамилией: она сохранила для нас ту форму имени, которой предки пользовались в быту.