Фамилия Ганьжина образована от мужского прозвища или имени Ганьжа. Основа здесь — глагол «ганьжать», который в русских говорах означал «клянчить, выпрашивать», а в некоторых диалектах — «привередничать, капризничать». Так могли прозвать человека навязчивого, надоедливого или, наоборот, слишком разборчивого в еде и быту. Есть и более нейтральная версия: в ряде областей «ганьжей» называли ленивого, нерасторопного работника. Какое из значений легло в основу фамилии, теперь не установить — прозвища часто давали с иронией или по внешнему впечатлению, а не по точной характеристике.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганьжин — «сын Ганьжи», «из семьи Ганьжи». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае форма Ганьжина — женский вариант, но в исходном мужском роде фамилия звучала бы как Ганьжин. Такая фамилия закрепилась в основном в северных и центральных губерниях России, где диалектное слово «ганьжать» было в ходу. В письменных источниках XVIII–XIX веков её можно встретить среди крестьян и мещан Вятской, Костромской и Пермской губерний — именно в этих регионах прозвища на -жа встречались особенно часто.

Интересно, что фамилия Ганьжина не имеет никакого отношения к украинскому или белорусскому «ганьба» (позор), хотя по звучанию похожа. Это чисто русская диалектная основа, искать в ней польские или малороссийские корни не стоит. Встречаются и однокоренные фамилии — Ганькин, Ганьшин, Ганьков — но они образованы от других производных того же корня (Ганька, Ганьша). Ганьжина стоит особняком: редкий суффикс -жа, который в русской антропонимии встречается нечасто, делает её заметной даже среди похожих фамилий.