Фамилия Ганьшин образована от уменьшительной формы крестильного имени Гавриил. В народной русской традиции имя Гавриил, имеющее древнееврейское происхождение и означающее «моя сила — Бог», сокращали до простых и обиходных вариантов: Ганя, а затем и Ганьша. Именно это мирское имя, Ганьша, и легло в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ганьшин, то есть сын или потомок человека по имени Ганьша.

Модель образования через суффикс -ин типична для русских фамилий, произошедших от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа Ганьш- с суффиксом -ин дала форму Ганьшин, которая закрепилась как родовое имя. Это одна из самых распространённых словообразовательных схем в русской ономастике, наряду с фамилиями на -ов/-ев.

Географически фамилия Ганьшин встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где имя Гавриил было особенно популярно в XVI–XVII веках. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Ганышин, но основная форма Ганьшин более устойчива и фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках.

Стоит отметить, что версия происхождения от имени Гавриил — основная и наиболее правдоподобная. Альтернативные гипотезы, связывающие фамилию с диалектным словом «гань» (в некоторых говорах — «насмешка» или «укор»), менее убедительны, так не имеют широкого распространения и не подтверждаются ономастическими словарями. Таким образом, Ганьшины — потомки тех, кого в быту звали Ганьшей, то есть Гавриилом, и фамилия эта — живое напоминание о древней традиции сокращения церковных имён.