Фамилия Ганжина — женская форма фамилии Ганжин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «ганжа» или «ганза». В русских говорах, особенно южных и украинских, «ганжа» означала «бездельник», «гуляка» или «нахал». В этом случае прозвище Ганжа дали человеку с соответствующим характером или поведением — не обязательно в осуждение, часто такие прозвища закреплялись иронично или даже как семейное имя.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — происхождение от тюркского «канжа» (нож, кинжал) или от имени Ганжа, которое встречалось у народов Кавказа и Средней Азии. Однако для русской фамилии Ганжин/Ганжина такая этимология менее типична: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Ганжин, то есть сын или потомок Ганжи), а сама основа Ганжа в русской ономастике чаще встречается именно в значении прозвища, а не заимствованного имени.

Интересная деталь: в некоторых областях России фамилия Ганжин фиксируется с ударением на первый слог (Га́нжин), что указывает на краткость основы и типично для прозвищного происхождения. Если бы фамилия была образована от полного канонического имени, ударение чаще падало бы на второй слог. Географически носители фамилии Ганжин (и, соответственно, Ганжина) рассеяны по центральной России и Поволжью, но не образуют крупных гнёзд — это редкая фамилия, что также говорит в пользу её прозвищного, а не имени-крестильного корня.

Таким образом, предки носительницы фамилии Ганжина, скорее всего, получили своё родовое имя от человека с прозвищем Ганжа — вероятно, живого, неугомонного или даже дерзкого. Суффикс -ин просто указывает на то, что это «дочь (или жена) Ганжи», и в русской традиции такая форма не несёт дополнительного смысла, кроме родственной принадлежности.