Фамилия Ганжинова — женская форма фамилии Ганжинов, и её логичнее разбирать с мужского варианта. В основе лежит прозвище или имя Ганжа. Это слово имеет несколько значений, и каждое ведёт к своей версии происхождения.

Самая вероятная версия связывает Ганжу с южнорусскими и украинскими говорами, где «ганжа» означало «скупой человек», «скряга». В этом случае фамилия образована от прозвища, которое дали за характер или привычку. Суффикс -ов (в мужском варианте Ганжинов) указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Ганжинов, то есть сын или потомок Ганжи.

Вторая версия, менее распространённая, выводит Ганжу из тюркских языков. В некоторых тюркских наречиях «ганжа» или «канжа» — это «клад», «сокровище», а также личное имя. В этом случае фамилия могла возникнуть у народов, контактировавших с тюркским миром, — например, у татар, башкир или казаков, перенявших обычаи. Слово «Ганжа» встречается и как тюркское мужское имя, и как топоним (город Гянджа в Азербайджане, в старом произношении Ганжа).

Нельзя исключать и связь с глаголом «ганзать» в диалектах — «клянчить», «выпрашивать». Тогда прозвище Ганжа могло закрепиться за попрошайкой или назойливым человеком. Однако эта версия менее надёжна, так как глагол редок и локально ограничен.

Фамилия Ганжинов (и Ганжинова) — довольно редкая. По географии бытования она чаще встречается на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Поволжье, что косвенно подтверждает и южнорусскую, и тюркскую гипотезы. Встречаются варианты написания с одной «н» — Гажинов, но это, скорее всего, результат упрощения или ошибки в документах.

Таким образом, предок современных Ганжиновых мог быть либо скуповатым человеком, за которым закрепилось прозвище, либо выходцем из тюркской среды, носившим имя Ганжа. В любом случае, фамилия восходит к прозвищу или имени, а не к названию профессии или места.