Скорее всего, фамилия Ганжинов образована от прозвища Ганжи, которое восходит к турецкому слову hanci – «содержатель постоялого двора или караван-сарая». Таким образом, это прозвище относилось к числу «профессиональных» именований, указывающих на род занятий предка. Согласно другой гипотезе, фамилия Ганжинов происходит от названия одного из населенных пунктов. По одной из версий, это слово означает «клад». Следовательно, основатель рода Ганжиновых мог быть выходцем из этой местности. Не менее известен и древний город Ганжа (Гянджа) – второй по величине город Азербайджана, основанный еще в VIII веке до н. Возможно, основатель рода Ганжиновых проживал на территории бывшего Закавказского ханства.