Фамилия Ганжинов — редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу Ганжи, которое выводят из тюркских языков. Самая прямая версия — от турецкого hanci («содержатель постоялого двора» или «хозяин караван-сарая»). В таком случае прозвище было профессиональным: предок держал постоялый двор или работал при нём. Модель образования проста: прозвище Ганжи плюс русский патронимический суффикс -нов (усечённый вариант -ов после конечного -а), то есть буквально «сын Ганжи». Суффикс указывает на то, что фамилия закрепилась в русской или обрусевшей среде, а не осталась в исконно тюркской форме.

Есть и альтернативные гипотезы. Слово «ганж» в некоторых тюркских наречиях означает «клад» или «сокровище» (ср. персидское «гандж»). Отсюда могло возникнуть прозвище богатого или удачливого человека, а позже — фамилия. Географическая версия связывает фамилию с названием древнего города Гянджа (второй по величине город Азербайджана, основанный ещё в VIII веке до н. э.). Если предок происходил из тех мест или жил на территории бывшего Закавказского ханства, его могли прозвать Ганжинским или Ганжи — по месту выхода. Однако фамилия оформилась именно с русским суффиксом -ов, что типично для фамилий, которые давали переселенцам или людям, перешедшим на русскую службу.

В написании встречается вариативность: Ганжинов, реже Ганжинов. Ударение обычно падает на второй слог: Ганжи́нов. Фамилия редкая, в массовых списках не встречается, что говорит о локальном бытовании — возможно, в казачьих областях или в среде потомков выходцев из Закавказья. Однокоренных фамилий мало: например, Ганжа, Ганжов, Ганжинский.