Фамилия Ганюченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс указывал на потомка, сына или ученика того, кто назван в основе. В данном случае основа — Ганюк, а Ганюченко буквально означает «маленький Ганюк» или «сын Ганюка».

Сама основа Ганюк — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Ганя. Ганя, в свою очередь, народный вариант крестильного имени Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший) либо Агапий (от «агапе» — любовь). В украинской среде имя Агафон легко перешло в Ган, а затем в Ганюк через суффикс -юк, который в западных и центральных регионах Украины часто заменял более восточный -енко на стадии прозвища. То есть сначала человека звали Ганя или Ганюк, а его сын уже получал фамилию Ганюченко.

Географически фамилия наиболее плотно встречается в центральных и северных областях Украины — в Черниговской, Сумской, Полтавской, а также в прилегающих районах России (Брянская область, Курская область), что объясняется историческими миграциями и общим ареалом украинских фамилий на -енко. Встречается и написание Ганюченко с одной «н» — это орфографическая вариация, не меняющая смысла.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за бывшими крепостными при переписях, фамилии на -енко в XVIII-XIX веках были типичны для казацкой старшины, мещан и свободных крестьян. Носитель фамилии Ганюченко мог происходить из среды реестровых казаков или зажиточных селян, где прозвище по отцу фиксировалось раньше и устойчивее, чем у крепостных.

Поскольку имя Агафон в народе было редким и книжным, а Ганя — его просторечный аналог, фамилия Ганюченко несёт оттенок снисходительно-ласкового обращения. Это не официальное имя, а то, как в семье или в селе называли человека в быту. Таким образом, предок носителя фамилии был, скорее всего, человеком с именем Агафон, которого в кругу близких звали Ганей, а его дети получили фамилию по этому домашнему прозвищу.