Фамилия Ганзеева — женская форма, а мужская, Ганзеев, образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — Ганзей. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Ганзеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Ганзей.

Самое правдоподобное объяснение корня — немецкое или голландское влияние. Слово «ганза» (Hanse) в средневековой Европе означало торговый союз, прежде всего знаменитую Ганзу — объединение купеческих городов. Прозвище Ганзей могли дать русскому купцу, который вёл дела с немецкими или прибалтийскими партнёрами, или же человеку, который служил при ганзейских факториях в Новгороде, Пскове или Смоленске. Вторая версия — от личного имени Ганс (немецкая форма Иоанна, то есть Иван). В этом случае Ганзей — это русифицированное прозвище выходца из немецких земель, которого в России звали «Гансом», а в быту — Ганзей. Фамилии на -ей, -ай часто возникали как усечённые формы от иноземных имён.

Географически фамилия редкая и, скорее всего, имеет северо-западный или центральный след, где исторически проходили торговые пути Ганзы. Встречается она и в Поволжье — возможно, туда её занесли переселенцы или купцы в XVIII–XIX веках. В написании иногда путают с фамилией Ганзеев — через «е» после «з», но это один и тот же корень, просто разная фиксация в документах.

Морфологически любопытно, что в основе нет типичного русского суффикса -к- или -ов- в прозвище: Ганзей — это не уменьшительное, а скорее прозвищное имя, которое закрепилось за человеком как постоянное. Социальный контекст — фамилия не дворянская и не крестьянская в массовом смысле; скорее всего, её носили мещане или купцы, имевшие отношение к торговле или контактам с Западом. Других версий, например от тюркских корней, нет — основа слишком явно указывает на европейское заимствование.