Фамилия Ганзен — классический пример того, как европейское имя превратилось в наследственное родовое прозвание. В её основе лежит имя Hansen, которое в немецкой традиции является производной формой от имени Hans. В свою очередь, Ганс (Hans) — это немецкий вариант библейского имени Иоанн, идущего от древнееврейского «Йоханан», что означает «милость Божья» или «Бог смилостивился».

По своей словообразовательной модели фамилия Ганзен — это патроним, то есть указание на отца. Суффикс -en в немецких фамилиях (как и датских, норвежских) выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он буквально означает «сын». Таким образом, Ганзен — это «сын Ганса». В отличие от славянских фамилий, где суффикс обычно прикрепляется к корню, в скандинавской и немецкой традиции патроним мог закрепляться как фамилия на несколько поколений, а не меняться с каждым новым отцом.

Географически фамилия Ганзен характерна не только для Германии, но и для Дании, Норвегии, Швеции. В русском контексте она встречается среди потомков обрусевших немцев и скандинавов, особенно в Петербурге и Прибалтике. Известным носителем фамилии был Петер Андреас Ганзен (1795—1874) — немецкий астроном и геодезист, чьи работы по теории движения Луны и вычислению орбит получили мировое признание.

Разговорное написание «Ганзен» — это русифицированная передача исходного Hansen. В самой Германии фамилия пишется через s, но при переходе в русский язык двойное s могло передаваться как «з» под влиянием произношения или через букву «ц» (Ганцен) — в зависимости от диалекта. Вариант с «з» закрепился как литературный.