Фамилия Ганзен образована от имени Hansen, производной формы мужского немецкого имени Hans (Ганс, Ганц). Имя Hans, в свою очередь, является немецким вариантом мужского крестильного имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Известным представителем фамилии является Петер Андреас Ганзен (1795—1874) — немецкий астроном и геодезист.