Фамилия Ганкен — характерный пример ашкеназской фамилии, образованной по модели «женское имя + формант». Основа здесь — имя Khanke, уменьшительная форма древнееврейского имени Ханна (Hanna), которое означает «милость» или «благодать». В ашкеназской традиции такие фамилии часто оформлялись суффиксами, указывающими на родство или происхождение.

В фамилии Ганкен работает формант -ен, который встречается реже, чем массовые -сон или -зон («сын»), но выполняет ту же функцию: указывает на принадлежность. В данном случае — «сын (или потомок) Ханке». Это типичная восточноевропейская модель, где женское имя становилось основой фамилии, если женщина была главой семьи или имя было особенно популярно в роду.

Интересно, что в еврейской ономастике существовали и другие способы оформления фамилий: горские евреи Кавказа заимствовали грузинский суффикс -швили («дитя»), а в Израиле распространены суффиксы принадлежности -ис/-ес, -и, приставка бен- («сын») и артикль Га- (указывающий на род). Но фамилия Ганкен осталась в рамках ашкеназской модели, близкой к немецкой или польской традиции словообразования.

Встречается фамилия в основном у евреев-ашкеназов, живших на территории бывшей Речи Посполитой и Российской империи. Варианты написания могли различаться: Ганкен, Ханкен, Ганкин — в зависимости от того, как записывали фамилию при переписях и как адаптировали к местной фонетике.