Имя Ганзя, вероятно, представляет собой фонетический вариант имени Ганя, которое в свою очередь является уменьшительной формой крестильного имени Гавриил. В переводе с древнееврейского это имя означает «божественный воин». По другой версии, в основе фамилии Ганзенко лежит прозвище Ганза, которое восходит к нарицательному «ганза». Ганзой называется монгольская или китайская курительная трубочка. Такое прозвище могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Возможно, что основатель рода Ганзенко был иностранным купцом, торговавшим курительными трубками. Также возможно, что прозвище Ганза восходит к украинскому нарицательному «ганджа», что значит «изъян». Следовательно, прозвище Ганза мог получить человек с каким-либо физическим недостатком. Поэтому Ганзенко буквально понималось как «сын Ганзи».