Фамилия Гаплыков в русском звучании выглядит необычно, но её происхождение укладывается в стандартную словообразовательную модель. Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени или прозвища отца с помощью суффикса -ов. Основа здесь — Гаплык. Вопрос в том, что означало это слово.

Самый вероятный источник — прозвище или вариант имени. В южнорусских и украинских говорах слово «гаплик» или «гаплык» могло означать нечто мелкое, незначительное, либо относиться к застёжке (от немецкого «Haken» — крючок, пуговица). Однако в данном случае более правдоподобна версия, что Гаплык — это обиходная форма крестильного имени Агапит (от греческого «агапэ» — любовь). В народном произношении имя Агапит могло сократиться до Гап, а затем приобрести уменьшительный суффикс -лык, что типично для украинской и белорусской традиции. Подобным образом от Агафона получали Гапон, а от Агапия — Гапка.

Фамилия Гаплыков почти наверняка имеет украинские или южнорусские корни. Суффикс -ык (а не -ик) характерен для украинской ономастики, а окончание -ов указывает на то, что фамилия русифицировалась уже в документах, когда носитель переселился в великорусские губернии или попал в перепись на русском языке. Таким образом, первым носителем фамилии был человек по прозвищу Гаплык, то есть либо «маленький Гап» (сын Агапита), либо обладатель какого-то характерного признака, связанного с мелкой деталью или застёжкой.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных Гаплыковы фиксируются в основном в Курской, Воронежской областях и в Краснодарском крае — то есть в зоне исторического расселения украинских переселенцев. Сословного барьера у фамилии не было: она могла принадлежать как крестьянину, так и казаку или мещанину. Известных исторических личностей с такой фамилией нет, что делает её типичным примером «малой» фамилии, сохранившейся в узком локальном кругу.