Фамилия Гапоненков — наглядный пример того, как украинская по происхождению фамилия обросла русским патронимическим суффиксом. Её основа — имя Гапон, народная форма канонического имени Агапий (от греческого агапао — «любить»). В украинской и белорусской среде звук «г» в начале слова часто заменял «а»: так Агапий превращался в Гапона.

Дальше вступает в силу география. На Украине от имени Гапон образовали фамилию Гапоненко — с типичным украинским суффиксом -енко, который первоначально означал «сын Гапона» или «потомок Гапона». Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские губернии, местное население или чиновники могли адаптировать её на свой лад, прибавив русский суффикс -ов. Так Гапоненко превратился в Гапоненкова. Подобная «двойная» модель встречается нечасто: она выдаёт миграцию предков из украинских или южнорусских земель (например, из бывшей Слобожанщины или Черниговщины) в центральные или северные регионы России.

Сам Гапон, как и его книжный прототип Агапий, был именем нечастым, но устойчивым в простонародной среде. Носили его преимущественно крестьяне и мещане. Поэтому и Гапоненковы в массе своей происходят из крестьянского сословия. Фамилия сравнительно редкая; её географические гнёзда тяготеют к Курской, Орловской, Воронежской областям — к тем местам, где исторически смешивалось русское и украинское население.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Гапоненков стоит особняком. Гапонов — чисто русская форма, Гапоненко — чисто украинская, Гапоненков — гибрид, который фиксирует момент перехода семьи из одной языковой среды в другую. В этом её главная ценность для историка: по суффиксу можно прочитать маршрут предков.