Фамилия Гайдомакин — одна из тех, где на первый взгляд угадывается иноязычная основа, но при ближайшем рассмотрении оказывается, что корни её чисто русские, хотя и неочевидные. Разберём её по составу. Основа «Гайдома́к» — это устаревшее, диалектное или историческое прозвище. Скорее всего, оно восходит к слову «гайдома́к» (или «гайдама́к»), которое в южнорусских и украинских говорах обозначало участника народных повстанческих отрядов — гайдамака. В XVIII веке так называли повстанцев на Правобережной Украине, боровшихся против польской шляхты. Однако, в отличие от украинской фамилии Гайдамак/Гайдамака, русская форма «Гайдомакин» несёт на себе отпечаток акающего произношения: «гайдомак» вместо «гайдамак». Это указывает на регион бытования — центральные или южнорусские области, где «о» в безударной позиции произносили как «а».

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на модель образования от прозвища, оканчивающегося на «-а» или «-я» (Гайдомака → Гайдомакин). То есть фамилия буквально означает «сын Гайдомаки» или «принадлежащий Гайдомаке». В русской ономастике это стандартный патронимический суффикс, который присоединяли к прозвищам, именам и профессиям, заканчивающимся на гласный. Таким образом, предок носителя фамилии, вероятно, получил прозвище Гайдомака — либо за буйный нрав, либо за участие в гайдамацких отрядах, либо просто как человека, который «гайдамачил» (беспокойно себя вёл, скитался). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются как типичные для прозвищ, отражающих социальный статус или род занятий, хотя самого слова «гайдомак» в академическом корпусе нет — это народная фонетическая адаптация.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «гайд» (поворот, направление) или «гайда» (вперёд). Но в этом случае фамилия скорее имела бы окончание «-ов» (Гайдомаков), а не «-ин». Поэтому версия с гайдамаком выглядит убедительнее. Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не встречается, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного конкретного рода в Курской, Воронежской или Рязанской губерниях, где аканье было нормой, а память о гайдамаках сохранялась в народной речи.