Фамилия Гайдомакина — женская форма, а мужская, Гайдомакин, образована с помощью типичного русского суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Гайдомакин буквально значит «сын Гайдомаки» или «человек из семьи Гайдомаки». Основа здесь не имя, а прозвище Гайдомака, и именно его происхождение — ключ к пониманию фамилии.

Слово «гайдомака» в русских говорах — нечастое, но выразительное. Скорее всего, это вариант прозвища Гайдамака, которое связано с украинским «гайдамака» — участник народно-освободительного движения на Правобережной Украине в XVIII веке. В просторечии слово приобрело более широкий оттенок: «гайдамакой» могли назвать буйного, отчаянного человека, разбойника или просто забияку. Если предок носителя фамилии получил такое прозвище, он, вероятно, выделялся горячим нравом или имел отношение к вольным отрядам.

Есть и другая, менее распространённая версия: корень «гайд» может восходить к тюркскому «гайды» («иди», «вперёд») или к диалектному «гайда» (то же значение). В таком случае прозвище Гайдомака могли дать непоседливому, подвижному человеку, который постоянно куда-то стремился. Но связь с украинским гайдамачеством выглядит исторически более обоснованной, особенно если учесть, что фамилия встречается в южнорусских и украинских регионах.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где прозвища передавались по отцу без дополнительных суффиксов -ов/-ев. Обычно такие фамилии встречаются в северных и центральных областях России, но для Гайдомакина характерна и южная привязка — из-за самой основы. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим: прозвища, лёгшие в основу фамилии, редко давали дворянам.

Сегодня фамилия Гайдомакина — редкая. Её носительницы могут смело связывать свою родословную с украинскими степями или южнорусскими землями, где слово «гайдамака» было на слуху. Это не фамилия из святцев или княжеских родов, а живое прозвище, которое когда-то точно описывало характер или судьбу предка.