Фамилия Гайдамакины образовалась от прозвища, а не от крестильного имени, и в этом её главное отличие от массы фамилий на -ин. В основе лежит слово «гайдамак» — так в XVIII—XIX веках называли участников народных восстаний на Правобережной Украине. Слово не славянское, а заимствованное: турецкое haydamak переводится как «нападать, грабить». Через польское и украинское посредничество оно попало в русский язык и стало прозвищем.

Прозвище Гайдамака могли дать не только реальному повстанцу. В быту оно часто закреплялось за человеком буйного нрава, любителем погулять или задирой. Второе значение — «разбойник» — тоже работало как характеристика, а не как криминальная биография. Поэтому предок Гайдамакиных мог быть как участником гайдамацкого движения, так и просто человеком с неспокойным, вольным характером.

Фамилия стоит в ряду однокоренных: Гайдамак, Гайдамаченко, Гайдамачук. Но суффикс -ин указывает на северный или центральный русский ареал, а не на украинский. Это значит, что прозвище попало в русскую среду и там оформилось по местной модели: от основы на -а (Гайдамака) образовали притяжательное прилагательное, которое затем застыло в фамилии. Такая модель типична для фамилий, происходящих от прозвищ на -а: Голова — Головин, Сирота — Сиротин.

География фамилии узкая. Гайдамакины не относятся к числу распространённых родов: в дореволюционных справочниках и современных телефонных книгах они встречаются редко, в основном в центральных и южных областях России. Это характерно для фамилий, которые не успели разойтись широко из-за позднего закрепления или небольшого числа носителей исходного прозвища.

Точную дату возникновения фамилии назвать нельзя: фамилии у крестьян и мещан фиксировались в основном в XIX веке, хотя прозвище могло существовать на поколение-два раньше. Ясно одно: фамилия Гайдамакины — не книжная и не искусственная, а живая, рождённая в речи и закрепившая за предком яркую, неоднозначную характеристику.