Фамилия Гайфутдинов образована от арабского мужского имени Гайфутдин. В основе лежит сложение двух корней: «гайф» (милость, милосердие) и «дин» (вера, религия). Таким образом, имя целиком переводится как «милосердие религии» или «милость веры». Это типичная для тюрко-мусульманской ономастики модель, где к божественному качеству добавляют «дин», подчеркивая религиозный смысл имени.

Имя Гайфутдин (в диалектальных вариантах — Гайфи, Гайф, Гайфук) давали с пожеланием, чтобы ребенок вырос достойным мусульманином. В традиционном обществе, где религия определяла уклад жизни, такой выбор был естественным. Нередко так называли долгожданного или особенно любимого сына, вкладывая в имя надежду на божественное покровительство.

Фамилия Гайфутдинов — типичная патронимическая модель на -ов, характерная для русской и тюркской традиции оформления фамилий. Она означает «потомок Гайфутдина». Суффикс -ов присоединился к основе уже в процессе русификации, когда татарские и башкирские фамилии получали стандартное окончание. Встречаются и менее частые варианты написания — Гайфутдинов, без смягчения конечного «н», что связано с особенностями произношения в разных диалектах.

Фамилия распространена преимущественно среди татар и башкир, особенно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у представителей других тюркских народов, исповедующих ислам. Сословно предки носителя фамилии могли быть как крестьянами, так и муллами или торговцами — имя Гайфутдин не было закреплено за каким-то одним сословием.