Фамилия Генджалиев — редкий пример тюркско-персидского сплава в русском ономастиконе. Её основа восходит к мужскому имени Генджали, которое в свою очередь распадается на две части: «Гендж» и «Али». Первый компонент, «гендж» (вариант «гяндж»), в тюркских и персидском языках означает «сокровище», «клад» или «богатство». Второй — Али — одно из ключевых имён в исламском мире, принадлежавшее зятю пророка Мухаммеда. Таким образом, имя Генджали можно перевести как «сокровище Али» или «богатство Али», что указывает на религиозный подтекст: имя давали в надежде на благословение и покровительство этого почитаемого персонажа.

Фамилию образовали по русской модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». В данном случае от имени Генджали (где конечный «и» в русском произношении часто переходит в «й») получили форму Генджалиев. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных тюркских народов или народов Кавказа, которые входили в состав Российской империи. Суффикс -ев здесь не несёт смысловой нагрузки, а лишь оформляет фамилию по русскому образцу, указывая на принадлежность: «сын Генджали» или «из рода Генджали».

Географически фамилия Генджалиев встречается преимущественно в регионах с тюркским и кавказским населением — в Дагестане, Азербайджане, а также среди татар и башкир. Встречаются варианты написания с буквой «а» в первом слоге — Ганджалиев, что связано с диалектным произношением. В русских метрических книгах XIX века эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении — вероятно, в конце XIX — начале XX века, когда массово оформлялись фамилии у народов, не имевших наследственных родовых имён.

Одна из деталей, которая отличает эту фамилию от других с корнем «Али», — это редкий первый компонент «Гендж». В отличие от распространённых имён вроде Мамедали или Алихан, где первая часть указывает на родство или титул, «Гендж» отсылает к метафоре ценности. Это может говорить о том, что предок носителя фамилии либо получил имя в честь какого-то значимого события (рождение долгожданного ребёнка как «сокровище»), либо его семья была связана с торговлей или ремеслом, где ценность и богатство имели прямое значение.