Фамилия Ганджалиев — одна из тех, где корень звучит экзотично, а суффикс выдает типично русскую (или шире — восточнославянскую) модель образования. Формант -ев указывает на притяжательное значение: «чей?» — отвечает на вопрос «сын Ганджали». Сама основа явно тюркского или иранского происхождения, что сразу задает направление поиска.

Скорее всего, в основе лежит топоним Гянджа (в русской традиции XIX века часто писали «Ганджа») — древний город на территории современного Азербайджана. Если так, то Ганджалиев — это «выходец из Гянджи» или «гянджинец». Суффикс -ли в тюркских языках как раз образует названия жителей по месту (ср. бакинец — бакинлы, казанлы и т.д.). Далее к этой основе «ганджали» добавили русский патронимический суффикс -ев, и получилась фамилия, которая закрепилась в среде, где тюркские прозвища адаптировали под российскую систему фамилий.

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная: от личного имени Ганджали (Гянджали), которое давали мальчикам в честь города или святого места. В таком случае фамилия — прямое отчество, без топонимического промежуточного звена. Словарь тюркских имен фиксирует подобные антропонимы, хотя они редки.

Фамилия не массовая, но встречается у народов Северного Кавказа и Закавказья, особенно у лезгин и азербайджанцев, а также у горских евреев. В русских метрических книгах и ревизских сказках XIX века Ганджалиевы почти не попадаются — это говорит о том, что фамилия сложилась поздно, скорее всего, уже в советское время, когда представителям тюркоязычных народов массово русифицировали фамилии, заменяя окончания вроде -оглы на -ев.

Интересная деталь: в дореволюционных источниках можно встретить написание Ганджалов или Ганджали, без суффикса -ев, что подтверждает вторичность русского окончания. Если ваш предок носил фамилию Ганджалиев, то с высокой долей вероятности он происходит из региона, где город Гянджа был значимым культурным или торговым центром, а сама фамилия несет память о географических корнях, а не о личном прозвище.