Фамилия Геннадий — редкий случай в русской ономастике: она образована напрямую от полной формы крестильного имени, а не от его уменьшительных вариантов. В основе лежит каноническое имя Геннадий (от греческого «геннадас» — благородный, родовитый). Обычно русские фамилии возникали от обиходных форм — Гена, Генка, Геннаха, Геннадьев, Генаев. Фамилия же Геннадий, скорее всего, более поздняя и книжная: её могли дать в семинарской или духовной среде, где ценили точное соответствие церковному именослову.

Словообразовательная модель проста и необычна: фамилия совпадает с самим именем в именительном падеже. Это так называемые «окаменевшие» формы, которые не получили стандартного суффикса -ов/-ев, -ин. В русской традиции такие фамилии встречаются редко и часто указывают на искусственное происхождение — например, их могли записать в метрических книгах за священником, который взял себе фамилию по имени святого. Вторая версия: фамилия могла возникнуть у выходцев из греческого или южнославянского ареала, где подобные конструкции встречаются чаще.

Географически фамилия Геннадий не привязана к какому-то конкретному региону России. В дореволюционных переписях она почти не встречается среди крестьян и мещан — это указывает на её позднее и, вероятно, единичное возникновение. Ономасты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») отмечают, что фамилии-тёзки вроде Геннадий или Анатолий — это результат индивидуального выбора, а не массовой традиции.

Таким образом, предки носителя фамилии Геннадий, скорее всего, были связаны с церковной средой: либо сам священник взял себе такую фамилию при окончании семинарии, либо её дали ребёнку, родившемуся в день памяти святого Геннадия. Фамилия не указывает на ремесло или прозвище — она целиком отсылает к имени и его значению «благородный».