Фамилия Гибалкин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия связывает её с диалектным глаголом «гибать» — гнуть, сгибать, нагибаться. В русских говорах «гибалка» — это приспособление для сгибания чего-либо (например, дуг или полозьев), либо просто согнутый предмет. Прозвище Гибалка могли дать человеку сутулому, сгорбленному или же мастеру, который гнул дуги, ободья, полозья — ремесленнику, делавшему деревянные детали для упряжи и саней. Фамилия образована по типичной модели: основа «Гибалк(а)» + притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Гибалки». Значит, предок носителя фамилии был либо физически приметен (сгорблен), либо занимался конкретным промыслом.

Версия с тюркским корнем «гибал» (связанным с понятием «наказание», «мучение») менее убедительна. В русской ономастике фамилии на -алкин/-алка чаще отталкиваются именно от глагольных прозвищ (ср. Дергал — Дергалкин, Ковырял — Ковырялкин). Приставка «гиб-» в русском языке даёт прозрачную семантику, а тюркская гипотеза потребовала бы объяснения, почему такое негативное прозвище закрепилось в крестьянской среде.

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским областям России — регионам, где было развито санное и тележное производство. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном бытовании прозвища в одном-двух уездах. Суффикс -ин указывает на некрестьянскую, скорее посадскую или ремесленную среду, где прозвища давались по занятию, а не по имени отца.