Фамилия Гилфанова образована от мужского имени Гилфан, которое представляет собой тюрко-татарскую адаптацию арабского имени Гильфан (غلفان). В основе арабского корня лежит понятие «прощение» или «покрытие грехов», поэтому имя нередко переводится как «прощающий» или «милостивый». Фамилия по происхождению — типично татарская или башкирская, с патронимическим суффиксом -ов/-ова, который в русской среде закрепился за многими нерусскими фамилиями после вхождения Поволжья в состав Московского государства.

Интересная деталь: в отличие от более частых татарских фамилий на -ин (например, Гилфановин), вариант с суффиксом -ов характерен для фамилий, оформленных уже по русской канцелярской традиции XVII–XIX веков. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был учтён в официальных документах, где писарь привёл имя отца к привычной модели. Само имя Гилфан в татарской среде встречается и сегодня, но фамилия Гилфанова распространена не повсеместно: основная концентрация — в Татарстане, Башкортостане и среди татарских диаспор в Урало-Поволжье.

Женская форма фамилии — Гилфанова — указывает на то, что в роду был мужчина по имени Гилфан. Скорее всего, предок не был знатного происхождения: подобные фамилии чаще всего получали крестьяне и горожане, а не дворяне, для которых характерны фамилии на -ский. Если рассматривать ономастический контекст, то однокоренные фамилии — Гилфанов, Гилфандинов, Гильфанов — все восходят к тому же арабскому имени, но различаются по степени адаптации.

Никаких документальных свидетельств о древности рода или принадлежности к известным историческим личностям нет — фамилия бытовая, «народная». Её главная ценность для потомков — прямая связь с именем предка, которое в переводе с арабского несёт пожелание милосердия и прощения.