Фамилия Гилфанов — один из тех случаев, когда корень очевиден, а географическая привязка неожиданна. Основа здесь — личное арабское имя Гилфан, которое восходит к арабскому «гильфан» (غلفان) — «невежда», «неуч». В мусульманской традиции это имя давали с охранительным смыслом: считалось, что такое «плохое» имя отведет от ребенка сглаз и зависть, сделает его незаметным для злых сил. То есть на деле имя не ругательное, а обережное, как распространенные в русской среде Некрас или Неустрой.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе Гилфан добавили суффикс принадлежности -ов, что значит «сын Гилфана». Модель типична для тюрко-татарских и кавказских народов, которые массово получали такие фамилии в XIX — начале XX века при переходе к метрическим книгам. Однако есть и альтернативная версия: в некоторых диалектах татарского языка слово «гильфан» могло означать «смотритель», «хранитель» — от персидского «гиль» (глина, земля) и «фан» (знающий). В таком случае прозвище могло относиться к строителю или гончару. Но эта гипотеза слабая: письменные источники по татарской ономастике её не подтверждают, а имя Гилфан как личное зафиксировано в метриках гораздо шире.

Географически фамилия Гилфанов почти не встречается за пределами Татарстана и Башкортостана. Это редкий, локальный вариант. Если сравнить с однокоренными — Гильфанов, Гильфандинов — то форма Гилфанов (без мягкого знака) характерна для носителей, которые прошли через русскую паспортную запись в советское время, когда «ь» в фамилиях часто опускали. В дореволюционных записях, напротив, чаще писали «Гильфановъ».

Социальный состав носителей — в основном крестьяне и ремесленники из казанских татар. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советских архивах фамилия встречается в основном в Актанышском и Мензелинском районах Татарстана, а также в западных районах Башкортостана.