Фамилия Гилистинова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов или -ин в мужском варианте (Гилистинов), а окончание -а указывает на женскую форму, принятую в документах или бытовом употреблении. Сама основа «Гилистин» заставляет задуматься: что это — искажённое имя, прозвище или топоним?

Наиболее вероятная версия — фамилия образована от прозвища или имени Гилиста. В русских говорах и соседних славянских языках слово «гилистый» могло означать «гибкий», «извилистый» или относиться к человеку с характерной походкой. Но есть и более конкретная гипотеза: основа «гилист-» может восходить к диалектному «гиль» — так в некоторых регионах называли сороку или вообще крикливую, суетливую птицу. Прозвище Гилиста могли дать человеку болтливому, подвижному или с пронзительным голосом.

Суффикс -ин в мужском варианте фамилии (Гилистинов) — классический русский патронимический суффикс, отвечающий на вопрос «чей?». То есть Гилистинов — «сын Гилисты». Однако женская форма Гилистинова в русской традиции нередко закреплялась в документах как единственная, если семья была записана через женщину (например, по матери-вдове) или если фамилия не прошла стандартную паспортную унификацию.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в Поволжье, где были сильны диалектные и тюркские влияния. Не исключено, что в основе лежит тюркское имя или прозвище — например, от «гилис» (цветок) с добавлением русского суффикса, но это лишь догадка, не подтверждённая источниками.

Известных носителей фамилии Гилистинова в истории не зафиксировано — это указывает на её локальный, возможно, крестьянский характер. Предки, скорее всего, были вольными или помещичьими крестьянами из центральных или южных губерний, а сама фамилия возникла не раньше XVII–XVIII веков, когда прозвища начали массово переходить в наследственные фамилии.