Фамилия Гильянова — редкий случай, когда суффикс -ов/-ев присоединён не к очевидной основе, а к форме, которая сама по себе уже могла быть результатом переосмысления. Если отбросить окончание -а (женский род), то мужской вариант — Гильянов. Основа — Гильян. Это некалендарное имя или прозвище, которое могло возникнуть в среде, где сталкивались разные языковые традиции.

Самый вероятный источник — тюркское слово «гиль» или «киль» (глина, ил) с добавлением уменьшительного суффикса -ян, характерного для некоторых тюркских языков (сравните: ага — агаян, бай — байян). Тогда Гильян — «глинистый», «живущий на глинистой почве» или прозвище человека, работающего с глиной (гончара, строителя). Однако это лишь одна из версий. Вторая, не менее правдоподобная, связывает фамилию с персидским топонимом Гилян — историческая область на севере Ирана. Приставка -ов в этом случае просто русифицирует название: «выходец из Гиляна» или «потомок того, кто пришёл из Гиляна». Такая модель (топоним + русский суффикс) встречается у фамилий восточного происхождения, особенно в купеческой и служилой среде XVI–XVII веков.

Третья версия, более прозаичная, — от православного имени Гил (Гилий) или его производных. Но такие имена крайне редки, и вероятность мала. Спор между тюркской и персидской гипотезами решается через географию. Если фамилия встречается в Поволжье или на Урале — скорее, тюркский корень. Если на юге России, в казачьих областях или в среде старообрядцев, торговавших с Персией — версия с Гиляном весомее.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в русской среде по стандартной модели «чей?» — то есть «сын Гильяна» или «человек из рода Гильяна». Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и крестьяне, и мещане, и купцы. В дореволюционных записях Гильяновы встречаются в Астраханской и Оренбургской губерниях — что косвенно подтверждает связь с восточными корнями.

Единственное, что можно сказать наверняка: фамилия образована от прозвища или имени, которое не было широко распространено в русском именослове, а значит, её носители — потомки либо переселенцев с востока, либо людей, получивших прозвище за род занятий или место жительства.