Фамилия Гищенко образована по типичной для украинской и южнорусской ономастики модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» и закрепился как фамильный. Основа — Гищ- — восходит к уменьшительной форме имени Григорий. В украинской народной традиции это имя давало множество производных: Гришко, Гриценко, Грищенко, а через чередование звуков «р» и «й» (в некоторых говорах «Григорий» звучало как «Гигорий») и последующее смягчение возникла форма Гищ. Таким образом, Гищенко — это «сын Гища», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно Гищ от Григория.

Менее вероятна, но не исключена версия от прозвища, связанного с диалектным глаголом «гищать» — издавать резкий звук, визжать или пищать. В этом случае прозвище Гищ могли дать человеку с тонким, высоким голосом или, напротив, крикливому и суетливому. Однако для фамилий на -енко первичной почти всегда выступает патронимическая модель (по отцу), поэтому связь с именем Григорий выглядит убедительнее.

Фамилия распространена преимущественно в Украине — особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в южных регионах России. В дореволюционных переписях носители Гищенко чаще всего встречались среди казацкого и крестьянского сословия, что типично для фамилий этой модели: суффикс -енко указывает на демократическое происхождение, без дворянского оттенка, который несли фамилии на -ов/-ев.

Примечательная деталь: в старых документах фамилию могли записывать как Гiщенко (через «і»), что подчёркивает украинское происхождение, а в русских метрических книгах иногда путали с Грищенко, считая «Гищенко» просторечным вариантом. На самом деле это самостоятельная форма, сохранившая местный говор.