Фамилия Гизатулин образована от арабского составного имени Гизатулла, где первая часть «гизат» означает «честь, достоинство» или «честный, уважаемый», а вторая — «Улла» (Аллах). Таким образом, исходное имя можно перевести как «честь Аллаха» или «честный слуга Аллаха». Это типичная для тюркских народов модель, где личное имя религиозного содержания становится основой фамилии через русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Гизатуллы».

По другой версии, имя Гизатулла — диалектный вариант более распространённого имени Газетулла, которое переводится как «борец за Аллаха» (от арабского «гази» — воин, участник священной войны). Разница в огласовке первого слога (Гиз-/Газ-) характерна для региональных произносительных норм татарского и башкирского языков, где редукция гласных могла менять звучание.

Фамилия Гизатулин распространена преимущественно среди татар и башкир, что подтверждает её происхождение из мусульманской ономастики Поволжья и Приуралья. Встречаются варианты написания — Гизатуллин, с удвоенной «л», что точнее передаёт арабскую графику имени (Гизатулла → Гизатуллин). Оба написания восходят к одному корню и фиксируются в метрических книгах XIX века.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин здесь не указывает на славянское происхождение, а является приспособлением тюркского имени к русской словообразовательной модели. Такой способ адаптации массово применялся при записи нерусских фамилий в документах Российской империи.