Фамилия Глазкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от прозвища или нецерковного имени через суффикс притяжательного прилагательного -ин. Основа здесь — «Глазка», уменьшительная форма от «глаз». В старину прозвища, связанные с частями тела, давали по самой заметной внешней черте: человеку с большими, выразительными, косыми или, наоборот, зоркими глазами. «Глазка» — ласковое или бытовое именование, которое могло закрепиться за обладателем приметного взгляда.

Менее вероятна, но возможна связь с устаревшим словом «глаз» в переносном значении — так называли соглядатая, шпиона или бдительного сторожа. Однако в фамилиях чаще фиксируется именно внешний признак, а не профессия, поскольку для ремесленных прозвищ существовали другие суффиксы. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Глазкин, то есть сын Глазки.

В русских говорах встречается и форма «Глазко» — особенно на юге и западе, где распространён суффикс -ко. От неё образовалась бы фамилия Глазков, а Глазкин — параллельный вариант с другим суффиксом. Обе фамилии однокоренные, но Глазкин встречается реже и тяготеет к северным и центральным регионам России, где притяжательный -ин был продуктивнее.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических деятелей, что типично для фамилий, возникших в крестьянской или мещанской среде. В документах XVII–XVIII веков Глазкины могли фиксироваться как крестьяне, посадские люди или однодворцы. В переписных книгах и ревизских сказках фамилия встречается в Калужской, Тверской и Московской губерниях, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение.