Фамилия Глазункова — женский вариант фамилии Глазунков, которая образована от прозвища или нецерковного имени Глазун. В русской ономастике это редкий случай, когда основа не связана напрямую с глазом как органом зрения, а восходит к старинному диалектному слову «глазун» — так в некоторых областях называли человека с большими, навыкате глазами, а также того, кто любит глазеть, подсматривать или просто обладает острым зрением. В говорах Вологодчины и Архангельской губернии «глазуном» могли прозвать и колдуна или знахаря, которому приписывали «дурной глаз» — то есть способность сглазить. Вторая, менее распространённая версия связывает прозвище с яичницей-глазуньей: возможно, предок был поваром или торговал яйцами, но это скорее народное переосмысление, чем научная гипотеза.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей?» — Глазунков сын, то есть потомок Глазуна). Женская форма Глазункова закрепилась в документах как указание на жену или дочь Глазункова, а позже стала самостоятельной фамилией. В отличие от более частых Глазуновых (от «глаза»), фамилия с суффиксом -к- (Глазун-к-ов) встречается реже и говорит о том, что основа — не прилагательное, а именно прозвище с уменьшительным или пренебрежительным оттенком. По переписям XIX века Глазунковы фиксировались преимущественно в центральных губерниях России — в Тверской, Ярославской и Московской, где слово «глазун» бытовало в значении «зевака» или «ротозей».

Среди однокоренных фамилий — Глазунов, Глазков, Глазачев. Глазункова стоит особняком: если Глазуновы могли происходить от ремесленников, делавших оконные стёкла (от старорусского «глаз» — стекло), то Глазунковы почти наверняка обязаны фамилией личной черте или поведению предка. В архивных записях встречаются варианты написания — Глазунков, Глазункова, изредка Глазунко́в с ударением на последний слог, что характерно для украинского влияния, но для русской фамилии нормативно ударение на второй слог: Глазу́нков.