Фамилия Глубнкова — вариант женского рода от мужской формы Глубнков. Её основа, скорее всего, связана с диалектным или старым словом «глубник». В русских говорах так могли называть человека, живущего в глухом, отдалённом месте — в глубинке, в лесной чаще. Корень «глуб-» (от «глубокий») указывает на удалённость, труднодоступность, а суффикс «-ник» образует название лица по месту или свойству. Таким образом, Глубнков — это тот, кто родом из глухомани, из глубника.

Суффикс «-ов» в окончании фамилии указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или названия: «чей?» — сын Глубника. Встречается также вариант с суффиксом «-ев» (Глубнкев, если основа оканчивалась на мягкий согласный), но форма Глубнков более распространена. Географически фамилия редкая, её следы можно найти в центральных и северных областях России, где сохранялись диалектные названия глухих мест.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища «Глубокий» или «Глубной» — так в старину называли человека глубокого ума или, наоборот, замкнутого, скрытного. Но в таком случае ожидалась бы форма Глубоков или Глубинин, поэтому первая гипотеза выглядит правдоподобнее.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению. В документах XVIII–XIX веков её носители, вероятно, числились среди государственных или помещичьих крестьян в глухих уездах. Ономастические справочники (например, работы Б. Унбегауна по русским фамилиям) относят подобные образования к группе «географических» прозвищ, которые давали по месту жительства или происхождения.