Фамилия Глубенок относится к распространённому в Беларуси и на западе России типу фамилий с уменьшительным суффиксом -енок. Этот суффикс, характерный для восточнославянских фамилий, особенно белорусских, первоначально имел значение «сын» или «потомок»: Глубенок — буквально «маленький Глуба» или «сын Глубы». В основе лежит прозвище Глуба, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному «глубокий».

Значение прозвища могло быть разным. Самое прямое — характеристика человека по голосу: «глубокий» в смысле низкий, басистый. В русских говорах «глубокий» также могло означать «проницательный», «основательный» — человек глубокого ума. Менее вероятно, но возможно, что прозвище дали по месту жительства: у глубокого оврага, колодца или реки, хотя в этом случае чаще встречаются фамилии на -ский (Глубоковский, Глубинский).

Интересно, что фамилия Глубенок почти не встречается в центральной России и на севере — это яркий маркер белорусского происхождения. В Беларуси, особенно в Витебской и Могилёвской областях, фамилии на -ёнок (Глушонок, Козлёнок, Павленок) составляют целый пласт, и Глубенок органично вписывается в этот ряд. В польском языке есть однокоренная фамилия Głębocki, но Глубенок — чисто восточнославянская модель, без польского дворянского суффикса.

Сословная принадлежность предков Глубенков, скорее всего, крестьянская или мещанская. В ревизских сказках XIX века такие фамилии часто фиксировались именно у свободных крестьян и однодворцев западных губерний. Сведений о дворянских родах с этой фамилией нет — она осталась в народной среде, не попав в гербовники.