Фамилия Глубенко — звонкий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок». В буквальном смысле Глубенко — это «сын Глубы» или «потомок Глубы». Основа «Глуб-» здесь напрямую связана с прилагательным «глубокий», но вот что именно она означала в прозвище — вопрос более тонкий.

Самое прямое объяснение: прозвище Глуба могли дать человеку, жившему в глубоком овраге, низине или у глубокого колодца. Такие топографические прозвища были распространены в сёлах, где каждый заметный природный объект становился частью фамилии. Однако есть и другая, более образная версия: в украинских говорах слово «глуба» могло означать не только глубину, но и человека глубокомысленного, серьёзного, или, наоборот, скрытного, «глубокого» в себе. Вряд ли прозвище было связано с глупостью — для этого у восточных славян существовала другая корневая основа (Дур-, Глуп-).

Суффикс -енко — типично украинский и южнорусский, он массово формировал фамилии в XVI–XVII веках, особенно в казацкой среде. Фамилия Глубенко, скорее всего, возникла на территории современной Украины (Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина) и закрепилась за родом, основатель которого носил прозвище Глуба. В русских переписях фамилия встречается реже, что подтверждает её украинские корни.

Интересно, что фамилия Глубенко не имеет однозначного аналога с русским суффиксом -ов (Глубоков), что указывает на разную словообразовательную моду. Если Глубоков — фамилия, образованная от прилагательного через отчество, то Глубенко — более архаичная, напрямую от прозвища. Встречаются и варианты написания — Глубе́нко, с ударением на второй слог, что типично для южных говоров. Социальный состав носителей фамилии в XIX веке — преимущественно крестьяне и казаки, без выраженного дворянского следа.