Фамилия Голубенко — украинская по происхождению, что сразу выдает суффикс -енко. В XVI–XVII веках этот суффикс в Поднепровье и на Слобожанщине стал главным способом образовать фамилию: он буквально означал «маленький» или «сын такого-то». То есть Голубенко — это «сын Голубя», а Голубь, в свою очередь, было прозвищем или нецерковным именем.

Сама основа восходит к названию птицы. Голубь в народной культуре — фигура многозначная. С одной стороны, символ кротости, чистоты и Святого Духа, с другой — птица, которую держали в каждом хозяйстве. Поэтому прозвище Голубь могли дать человеку тихому и мирному, а могли — голубятнику или тому, кто разводил этих птиц. Родители, называя ребёнка Голубем, часто вкладывали в это пожелание: чтобы природа приняла его как своего и наделила мягкостью нрава, присущей этой птице.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых украинских говорах «голуб» могло означать не только птицу, но и седой, белый цвет (от «голубой»). Так могли прозвать человека с очень светлыми, почти белыми волосами или с сединой. Эта параллель встречается в соседних фамилиях — Голубов, Голубев — и для украинской ойкумены тоже правдоподобна.

Фамилия Голубенко довольно распространена на всей территории Украины, особенно в центральных и восточных областях. В России она тоже встречается, но чаще всего как наследие переселенцев с Украины в XVIII–XIX веках. Среди однокоренных фамилий — Голуб, Голубов, Голубев, Голубков, Голубятников. Все они идут от одного корня, но различаются суффиксами, которые указывают на регион и способ образования: -енко — украинский патроним, -ов — русская притяжательная форма, -ятник — прозвище по занятию.