Фамилия Голубенко относится к группе так называемых «птичьих» фамилий и восходит к названию птицы «голубь». Давая младенцу такое имя, как Голубь, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Голубь, со временем получил фамилию Голубенко.