Фамилия Голубко — типичный пример украинской или белорусской модели образования фамилий с уменьшительным суффиксом -ко. В XVII–XVIII веках этот суффикс активно присоединялся к прозвищам и именам на восточнославянских землях, входивших в Речь Посполитую, и со временем закрепился как наследственный. В русском языке аналогом такого суффикса выступает -ок, но в фамилиях форма на -ко осталась маркером южного или западного происхождения.

Основа фамилии — прозвище Голуб или Голубок. Оно входит в большую группу так называемых «птичьих» фамилий, образованных от названий животных и птиц. В ономастике известно несколько версий, почему человека могли прозвать Голубом. Первая, самая прямая: предок разводил голубей или торговал ими. Вторая: внешнее или поведенческое сходство — мягкий, покладистый нрав, округлая фигура, седоватый оттенок волос (голубиный окрас). Третья, менее очевидная: в древнерусских текстах слово «голубь» иногда использовалось как ласковое обращение, поэтому прозвище могло закрепиться за человеком добрым, милым, «голубиным» по характеру.

В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» зафиксированы ранние носители этого прозвища: князь Борис Васильевич Пожарский по прозванию Голубок (XVI век) и крестьянин Григорий Голубок, упомянутый в 1630 году в Курмыше. Оба примера показывают, что прозвище бытовало в разных сословиях — от знати до крестьянства. Со временем прозвище вытеснило мирское имя и перешло в фамилию, а суффикс -ко добавил ей оттенок принадлежности: «сын Голуба» или «маленький Голуб».

Фамилия Голубко встречается преимущественно в западных и южных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Беларуси, а также в приграничных с ними областях России. Встречаются также однокоренные фамилии с тем же корнем, но другими суффиксами: Голубев (русская форма), Голуб, Голубенко, Голубцов. Каждая из них образована по своей региональной модели, но восходит к одному и тому же прозвищу.