Фамилия Голубёнок — яркий пример того, как уменьшительно-ласкательная форма прозвища закрепилась в качестве родового имени. В её основе лежит не птица голубь, а распространённое в старину нецерковное имя или прозвище Голубь. Такие имена давали по внешности (кроткий, светлый, с «голубиным» взглядом) или по характеру (мирный, незлобивый). Суффикс -ёнок в восточнославянских фамилиях — редкая и очень показательная деталь.

Обычно суффикс -ёнок (или -онок) указывает на «маленького», «детёныша»: телёнок, волчонок. В фамилиях он встречается в основном в двух случаях: либо как прямое указание на сына (Голубёнок = «маленький Голубь», то есть сын Голубя), либо как прозвище самого молодого или младшего в роду. На западе и юге России, особенно на Смоленщине, в Белоруссии и на Украине, фамилии на -ёнок (Голубёнок, Козлёнок, Рыжонок) встречаются чаще, чем в северных областях. Это типичная западнорусская и белорусская модель образования фамилий, аналогичная украинским фамилиям на -енко, но с другим оттенком значения — не «сын», а «детёныш», что придаёт фамилии оттенок ласки или уменьшительности.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с ремеслом: голубятником — человеком, который разводил или ловил голубей. В этом случае Голубёнок могло быть прозвищем подмастерья или сына голубятника, но такая трактовка менее убедительна, потому что основная масса прозвищ от ремёсел образовывалась напрямую (Голубятников, Сокольников), а уменьшительная форма указывает скорее на родство или возраст.

Написание фамилии через букву Ё — не ошибка, а точная передача произношения. В документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать и как «Голубенок» (через Е), и как «Голубёнок». Современный вариант с Ё — более правильный, так как он сохраняет ударение на последний слог и отличает фамилию от формы, где ударение могло бы падать на второй слог. Встречаются и варианты Голубёнков — результат адаптации фамилии под стандартную модель на -ов при переезде носителей в центральные регионы России.

Таким образом, Голубёнок — это фамилия-характеристика, говорящая о том, что предок носителя был либо младшим в роду, либо сыном человека по прозвищу Голубь, и жил, скорее всего, в западных областях России или в Белоруссии.