Фамилия Глыбокова — женская форма фамилии Глыбоков, и её происхождение стоит искать не в прилагательном «глубокий», а в диалектных особенностях русского языка. Основа «глыб-» или «глыбк-» в разных говорах означала нечто иное, чем привычная нам глубина.

Самый вероятный источник — прозвище Глыбок (или Глыбко), которое давали человеку с крупной фигурой, грузному, плотному. В псковских и тверских говорах, например, «глыба» — это не только ком земли, но и неуклюжий, тяжелый человек. Суффикс -ов в фамилии Глыбоков указывает на принадлежность: «сын Глыбока» или «из рода Глыбока». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ (ср. Горбоков от «горбок» — сутулый, или Широков).

Редкий вариант — связь с географическим названием. В ряде регионов встречаются топонимы вроде Глыбокое или Глыбокая (например, овраг или ручей). Тогда фамилия могла указывать на выходца из такого места, но эта версия менее вероятна: для топонимических фамилий чаще использовали суффиксы -ский/-цкий (Глыбокский), а не -ов.

Интересно, что фамилия Глыбоков (и Глыбокова) встречается преимущественно в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Владимирской губерниях. Это косвенно подтверждает диалектную основу: именно там слово «глыба» в значении «толстяк» было в ходу. В южных говорах такое прозвище не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Глыбоков стоит в одном ряду с Глыбиным, Глыбовым, Глыбочко. Все они образованы от одной основы, но разными суффиксами: -ин указывает на принадлежность к матери (Глыба — женщина), -ов — к отцу, а -очко — уменьшительная форма, характерная для украинских фамилий.