Фамилия Гнаповская — одна из тех, чей корень уводит в диалектную лексику, а не в церковное имя или профессию. Её основа — «гнап» — в юго-западных говорах (украинских, белорусских) могла означать «обрубок», «коротышка», «нечто срезанное или отломанное». Слово это родственно глаголу «гнапити» — «резать», «рубить», «отсекать». Таким образом, прозвище Гнап, от которого образована фамилия, скорее всего, давали человеку невысокого роста или с какой-то физической особенностью, напоминающей «обрубок».

Суффикс -ск- указывает на шляхетский или, шире, территориальный способ образования фамилий. В польской и западнорусской традиции фамилии на -ский/-цкий первоначально закреплялись за дворянами по названию имения (Гнапово — гипотетическое село или хутор). Однако со временем этот суффикс стал массовым, и Гнаповская могла возникнуть и у крестьян, и у мещан — просто как указание на место жительства или происхождение из местности с корнем «гнап». Окончание -ая типично для русского варианта фамилии, в то время как в польском оригинале она звучала бы как Gnapowska (мужской род — Gnapowski).

Встречаемость фамилии редкая. Она не фиксируется в крупных общероссийских словарях фамилий, что говорит о её локальном характере. Скорее всего, корни Гнаповских — на территории современной Западной Украины, Беларуси или в восточных воеводствах Польши, откуда носители могли переселиться в центральные губернии Российской империи. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые часто привязаны к профессии или отчеству, Гнаповская сохранила связь с прозвищем, описывающим внешность или характер предка.

Если рассматривать альтернативную версию, то «гнап» могло быть искажением слова «гнать» — в значении «гонщик», «погонщик», но это менее вероятно: фонетически переход «гнать» в «гнап» нехарактерен для славянских языков. Поэтому версия с «обрубком» и прозвищем по внешнему виду остаётся основной. Носителям фамилии стоит искать её следы в метрических книгах конца XIX — начала XX века по Волынской, Гродненской или Подольской губерниям.