Фамилия Гнатущенко — типичный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели (от имени отца). В её основе лежит каноническое христианское имя Игнатий, которое в украинской народной традиции звучало как Гнат. Суффикс -енко, самый распространённый в Украине, означает «маленький» или «сын», то есть Гнатущенко дословно — «сын Гнатуща». Гнатущ — это ласкательная или уменьшительная форма от того же имени Гнат, вроде «Гнатушка» или «Гнатусь». Таким образом, фамилия указывает, что родоначальник был потомком человека, которого в семье или в округе ласково звали Гнатущем.

Интересна именно эта промежуточная ступень: не прямо «Гнатенко» (от Гната), а «Гнатущенко» — от производной формы. Это говорит о более тесной, внутрисемейной основе прозвища. Такие «тройные» патронимы (корень + уменьшительный суффикс + -енко) встречаются реже, чем простые, и часто указывают на конкретную ветвь рода или на прозвище, которое закрепилось за конкретным человеком, а не передавалось от отца к сыну как имя.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Черкасской, Полтавской и Киевской. В России она встречается значительно реже и почти всегда — следствие переселений или смешанных браков. Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или казаками; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими же «удвоенными» патронимами, как Иващенко (от Иваш, Ивась), Данильченко (от Данильчо) или Павлюченко (от Павлюк). Если сравнивать с русскими аналогами, то суффиксу -енко в русском языке примерно соответствуют -ов/-ев (Гнатущев), но на украинской почве модель с -енко полностью вытеснила «великорусские» варианты. Поэтому фамилия Гнатущенко — однозначный маркер украинского происхождения, причём не с запада страны (где чаще встречаются суффиксы -ук, -юк), а с её центральной части.