Фамилия Гнатенко восходит к крестильному мужскому имени Игнатий, которое в переводе с латинского означает «неведомый, огненный». Святым покровителем носителей имени Игнат считается патриарх Игнатий Константинопольский. Это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ук /-юк, -ко, -енко, изначально указывающие на имя главы семейства.